为了整理外婆的遗物，主人公鹰原羽依里在暑假独自来到了鸟白岛。走下一天只有几趟的渡轮，他遇见了一位少女。她任凭海风吹拂着发丝，只是眺望着……那水天相接的边境。回过神来，那位少女不知已经去往何方。羽依里似乎有些怅然若失，但他还是向外婆家走去。有一位羽依里的小姨住在外婆家，她已经开始在那里整理遗物了。羽依里帮忙整理着充满着外婆回忆的遗物时，也逐渐适应了初来乍到时让他无所适从的“岛上的生活”。在都市生活中无法体会到的，与大自然的邂逅。这样的岛上生活，能让他想起曾经遗忘的，值得怀念的点点滴滴。
西元1999年，一顆不明的巨大「流星」墜落在地球上。之後調查證實這其實是一艘外星人的宇宙船，之後世界的某些強國為了將其修復並彌補墜落時對地球環境所造成的破壞（還得掩蓋掉這個外星船墜落的事實），而組成了統合政府。並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS，德文「大宇宙」之意）。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂，在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後，在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天，在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射，並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦！事已至如此頓時成了趕鴨子上架，不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰，並讓馬克羅斯升空啟航，以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥，並救起了一位名叫林明美的少女，且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛，卻也開始介入了戰事的發展之中，甚而成為主導後來歷史走向的契機……
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广野紘（下野紘 配音）梦想着有朝一日能够成为出色的少女漫画家，因为，身为高中生的他一边完成着学业，一边朝着自己的梦想不断迈进。一次偶然中，广野紘遇见了名为宫村宫子（田口宏子 配音）的女孩，这个女孩是广野紘学校里新来的转校生。宫村宫子似乎对广野紘十分有好感，对他纠缠不休，广野紘的青梅竹马新藤景（冈田纯子 配音）将这一幕幕看在眼中，心里十分失落。与此同时，热爱篮球运动的新藤景刚刚退出了社团，在体育馆中遇见了热爱电影的少年堤京介（泰勇气 配音），堤京介被新藤景矫健的身姿所吸引，开始想要拍摄一部以她为主角的电影。
林枫意外得到一本桃花宝典，学习到各种超能力，从此尝尽人间精彩，遍阅天下风云，傲视群雄！
果仁大盗袭击卡比时激起了小光内在的正义感，奈何一个小学生又怎能对抗一个身形魁梧，手上装有特制果仁枪的果仁大盗。幸好卡比在危急关头给小光一件秘密武器，电击小子诞生！
