《康熙微服私访记3》沿袭前两部借古讽今、针贬时弊的新派古装轻喜剧作品风格，分为“锦袍记”、“食盒记”和“铃铛记”三个单元故事组成。“锦袍记”中康熙（张国立饰）派大太监三德子（赵亮饰）回故里调查贪官一事，然而当牵扯进亲情之后事情开始变得难以取舍；“食盒记”由宜妃（邓婕饰）的亲戚噶礼送的食盒引发；而在“铃铛记”中，康熙竟然独身离宫，当起了普通老百姓。
观世音的前世慈航大士面对佛祖立下宏愿，转世人间度醒众生，点悟从善之道，使众生脱离苦海。正当慈航大士转世妙庄王国三公主妙善时，黑衣魔女（即魔鲤）亦翻卷乌云，包围祥云一起落入妙庄王的寝宫，言三公主乃妖魔附体，不除掉三公主江山难保的舆论蛊惑大臣百姓。宰相霍羽一心谋取王位，也以此为由逼迫国王将女婴投海......三公主得救后，黑衣魔女恶心不死，追至大香山以魔法对冒险救助并精心养育妙善的尹妈一家制造病伤事故威胁尹家夫妇。计不得逞，又将尹妙父女推下山崖，欲置妙善于死地。
本剧将心理学、DNA鉴定学、犯罪现场学、刑事工程学等多门学科融为一体讲述连环撞击案、奸凶案、绑架案、变态枪杀案等一系列案件的侦破，惊雷震震，绝地厮杀这是尖端的高科技和现代犯罪的较量。这个战场没有硝烟，却惊雷阵阵。一群来自医学院和刑警学院的年轻人，颠覆了传统的侦讯方式，利用最尖端最前沿的高科技技术，察微析疑，拨开重重迷雾，将各种狡猾残忍的罪犯送上法庭。
该剧背景设定在人类餐桌上的新鲜肉类消失后的人工培植肉时代，讲述结束人类食用动物数百年“支配”与“被支配”关系的生物科技企业BF掌握了培植肉市场，在呈现快速增长势头的时期，企业内外陆续出现了质疑BF代表行为的人。
背负杀父之仇的阿沐女扮男装潜进赤影山庄，却意外被少主褚景辰发现真实身份，褚景辰假装不知情与其周旋，明宠暗护，可阿沐却被仇恨蒙蔽，爱而不自知。两人历经巨变终能携手，同时也发觉，真正的仇人一直藏在暗处……
康熙年间，安徽所辖河安境内因水患成灾，清庭放二十万两官银用于修堤，却被贪官私分，朝廷派出钦差大臣陈信前去察访。 经过一番周折最终将贪官绳之以法。
