故事发生在名为恩典农场的孤儿院内，在这里生活着很多失去了亲人，无家可归的孩子们，他们共有36人，每天，在劳作和玩耍之余，孩子们还要进行学习和测验，其中，佼佼者是名为艾玛（诸星堇 配音）的女孩和名为诺曼（内田真礼 配音）的男孩。负责管理和看护这些孩子们的女性名叫伊莎贝拉（甲斐田裕子 配音），孩子们喜欢喊她“妈妈”。每过一段时间，都会有一个孩子被收养离开农场，生活在这里的孩子们都将此作为自己的人生目标。
在永夜国度亚巴顿，7岁的艾茜被黑暗领主墨菲斯特从战场捡回王城。为阻止漫画中的灭世结局，她努力化解两国仇恨，却意外引发领主与圣骑士长的宠女内卷。当战争阴影再度降临，唯有跨越时空的拯救才能解开死局——而这一切，都始于两个爸爸的育儿经对决。详细
平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。
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在远古神明的年代，世间存在着天众、龙众、阿修罗等八部众，合称“龙神八部”。传说，三藏大法师一行历尽千辛万苦从彼岸取得“永恒之火”，数十年后，世界却不太平静
西历5012年。突然入侵地球的＜外星人＞与其制造的＜机械生物＞导致人类面临灭亡危机。
