本片是以神木高中“古典部”为舞台，围绕四个部员折木奉太郎、千反田爱瑠、福部里志、伊原摩耶花展开的校园推理剧。神木高中一年级生折木奉太郎是一个“节能”主义者，他信奉“不必要的事不做，非做不可的事就尽快解决”，过着“灰色”的高中生活。不参加任何社团的他，却因为姐姐的拜托而加入了濒临废部的“古典部”。在古典部他结识了好奇心旺盛的千金小姐千反田爱瑠，国中好友福部里志、伊原摩耶花也相继加入古典部。
加岛龙斗和好友游玩惩罚游戏输掉后，在认为自己不会成功的想法下，向倾慕的对象白河月爱表白。但月爱意外地接受了表白，且当天就将龙斗带到自己的房间，准备进行性行为，在龙斗的劝说下，月爱决定等到打从心底喜欢龙斗时再做。
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2126年的东京，是一个人工智能优化的城市，一名孤儿少女黑客隐匿其中，因为帮了她唯一的朋友一个忙，无意中卷入了由被社会排挤的摩托车手组成的慈善团伙，通过一起与毒品集团有关的谋杀案调查，揭露了这个看似乌托邦的城市背后的阴暗面。
努布拉五人组在冒险中遇到了新老朋友，面对了更致命的恐龙威胁，并处理了布鲁克林拒绝他们的后果。与此同时，布鲁克林的内心动荡不断加剧，她被深深地卷入了经纪人的恐龙贩卖和间谍犯罪网络。
一处位于乡下的宁静村庄，发生家畜陆续诡异死亡的奇妙案件。为了解决这起案件，一位穿着一身显眼服装，名叫「隐神」的男子，被从东京找来到此地。就在调查途中，男子与一名居住村内，被旁人叫「泥田坊」，有着神秘气息的少年相遇。一则波澜万丈的怪物物语，就此揭开了序幕──
