步入老年的不起眼上班族·犬屋敷壹郎，过着被公司和家庭疏远的每一天，但在某天，医生突然宣告他患了晚期癌症，时日无多，他从此开始自暴自弃。当晚，被突然飞来的UFO的坠落所卷入，转变成机械身体的他，获得了远超人类的力量。另一方面，同样遭遇事故的高中生·狮子神皓，开始随心所欲地使用他所获得的力量。不断伤害不合己意之人的狮子神，与不断拯救被狮子神所伤害之人的犬屋敷。人类的本质究竟是善还是恶？获得强大力量的2人，现在开始驱动各自的想法——。
故事发生在名为三嶋崎的海边小镇之上，私立美滨学园中，来了一位名叫风见雄二（樱井孝宏 配音）的转学生，然而，让雄二没有想到的是，在学园之中只有五名学生，并且全部都是女性，就这样，在小小的高墙之中，雄二的新生活就此展开。拥有美丽外表但性格孤僻的大小姐榊由美子（田中凉子 配 音）、个性开朗活泼，稍稍有些男孩子气的周防天音（田口宏子 配音）、倔强傲娇运气极差的松岛满（水桥香织 配音）、外表天真可爱实则有着悲惨过去的入巢莳菜（民安智惠 配音）和尽忠职守的天然呆小岭幸（清水爱 配音），五个表面看来天真烂漫的女孩，各自却有着灰暗的过去，雄二的到来能否扫清她们心中的阴霾？
拜别仙山后，莫衣与百里东君两大绝世高手退隐。萧瑟隐脉已然恢复，重回逍遥天境，雷无桀等人也相继得到仙人馈赠，实力也有不同地提升。众人决心赶赴天启城，江湖一别，朝堂再见。永安王萧瑟、白王萧崇、赤王萧羽三大势力汇聚一堂，夺嫡之争正式上演，谁又将登上那天启乘龙之位.......
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
