19世纪中叶，达尔文发现了生物的“生命线”，创立了生物合成技术，世界的格局由此悄悄改变。德奥同盟国组成机械主义阵营，投身钢铁机甲；英法俄协约国组成达尔文主义阵营，醉心合成巨兽。1914年，世界大战爆发在即，奥匈帝国的亚历山大王子在大公遇刺后逃离祖国，身边只有几位忠臣和一台机甲为伴 。与此同时，苏格兰平民女孩德琳·夏普女扮男装加入英国空军，时时刻刻都得隐藏身份。两人以意想不到的方式登上利维坦号，少年与少女即将左右世界大战的走向……由橘子社Orange制作，久石让打造原创歌曲。
主人公林初本是身世显赫的富家之子，但其父母却突然无故失踪，家族公司也被其父亲的前助理所强占，就连他从小住到大的别墅也被突然出现的所谓债主所霸占，于是他只能暂时去到位于郊区的林家老宅中居住。然而，来到林家老宅的林初，却奇异地发现老宅院落中的一座盆景中突然传来神秘的人声，接着他意外进入到了盆景之中，发现了被封印于盆景内的仙山以及仙人——玄清祖师。玄清祖师发觉林初身上有激发封印的能力，于是决定收其为徒，传授其修炼之法，以帮助自己冲破封印。与此同时，玄清祖师为了报答林初，也答应教授其一些技能，以助其调查其父母失踪事件背后的真相。林初同意了天玄祖师的要求，自此踏上了修炼之路！
基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！
4年了，距离那场私人武装组织——天人与人类联盟军的决战过去4年了。
