五超人在执行任务中，意外发现体内暗藏了能控制他们的程序代码，在调查过程中，超人们发现所有的线索都指向了宇宙开发集团五金公司。超人们为了解开谜题，踏上了寻找真相之路，五金公司的阴谋也逐渐浮出水面。原来，五金公司曾经拥有过诞生超人们的超能机械石，并试图将超人改造成为自己的武器，从而称霸宇宙。超人们得知真相后，合力摧毁了五金公司，解决了宇宙的危机。
邪恶头目吞天派遣手下混沌入侵地球，夺取盘古之力。地球最后的守护者——巨神守卫登场迎战却受重伤，临危之际，巨神守卫把自己的力量赋予五位面对危难依然勇于助人的少年。 混沌虽伤重败退，却在吞天的帮助下获得蛮兽卡。东山再起的混沌回到地球，通过引诱拥有负面情绪的人类，让其与蛮兽卡结合变成强大的蛮兽为己所用。虽然吞天一伙看似不可战胜，但少年们组成的巨神战击队坚信自己能挑战不可能，驾驶各具威力的机兽与邪恶力量抗争到底。
表面上看来，真宫樱（井上麻里奈 配音）只是一介平平无奇的女高中生，然而，童年时代的特殊遭遇让她拥有了能够看见幽灵的特异功能，亦改变了她原本风平浪静的生活。一次偶然中，真宫樱遇见了名为六道轮回（石川界人 配音）的少年，敏感的樱很快就发现了少年的半人半神的真实身份。原来， 六道轮回拥有着一半的死神血统，因此而肩负着超度亡灵的重任，他的正直和善良吸引了樱的注意，两人联手，将一个又一个无法安息的亡魂送入了轮回之轮。随着时间的推移，樱渐渐发现，原来六道轮回的奶奶魂子（雪野五月 配音）正是曾经救过自己性命的死神，而她特殊的命运早在那一刻就已经决定。
为了对抗突然出现的人类之敌「涅洛伊」，世界各国组成了联合军。
