故事叙述阿空、阿静、阿能、阿震、阿风和杨一击等六位个性迥异的年青人，在曾受过军事训练的唐少校、柯娜和福伯带领和帮助下，互相融合、互相接纳、彼此学习，逐渐成长为拥有强大的爱心、超凡的意志及守护正义的能力的有为青年，组成了团结勇敢、战无不胜的“巨神战击队”。 六个年青人运用各种高科技神奇力量去对抗想要破坏并占领地球的邪恶势力，他们不断地迎接一次又一次挑战，不断地在战斗中学习成长，在历经无数次艰难险阻之后，最终在大家团结齐心的不懈努力之下，战胜了邪恶力量，保护了地球的和平。
出云风子在8岁时，因自己的能力“不幸”造成了一场200人死亡的飞机事故，而她的双亲也在事故中丧生，她自此10年闭门不出。2020年8月，在一直追看的长篇少女漫画连载完结后，她决定自杀。此时她遇见拥有“不死”能力的安迪。安迪凭借其强大的再生能力，即使在风子“不幸”能力的影响下仍能生还。阻止风子自杀后，两人出发寻找让安迪死去的方法。
鼬鼠、兔子、海狸、猫头鹰以及蜥蜴五个 主人公带着小观众们一起进行探险旅行， 传播野生动物知识，培养小朋友认识大自 然的兴趣。
神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
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官方宣布第二季
一支由四名外星人组成的小队逃离了爆炸的家园，却坠毁在美国郊区一栋随时可以入住的房子里。他们对地球是可怕还是美好的看法不一。科尔沃（贾斯汀·罗兰饰）和尤米拉克（肖恩·吉布朗尼饰）只看到污染、粗俗的消费主义和人类的弱点，而特里（托马斯·米德蒂奇饰）和杰西（玛丽·麦克饰）则喜欢人类以及他们所有的电视、垃圾食品和有趣的东西。他们的使命是保护 Pupa，这是一台活着的超级计算机，有一天它会进化成真正的形态，吞噬他们并改造地球。
