1989年，日本。乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
习得一身本事的巫医嫡传孙大为下山入世，没有天大的抱负，只想家人健康快乐，自己能够治病救人赚点小钱，却没想到总有麻烦找上自己，面对尘世种种诱惑纠葛，且看一个胖子如何扮猪吃老虎，并将巫医发扬光大。
2033年，人类阻挡小行星撞击地球的计划失败了，人类灭亡了，而被遗忘在月球上的中等动物研究员独孤月幸运的活了下来，成为全宇宙最后一个人类。他开始锻炼身体、探索基地，不知不觉竟然将自己在月球上的孤独生活...
己没动过的蛋糕上有一个牙印.....难道月球上还有什么别的存在？
所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
