1989年，日本。乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
位于日本北海道某市的区役所，福祉事务课迎来了三名新人。为了报复不负责任给其申报了超长名字的公务员而进入政府部门的天然呆女孩山神（茅野爱衣 配音）、外表冷漠却温柔贤惠善于倾听以至于成为滔滔不绝的阿婆们倾诉对象的三好沙耶（中原麻衣 配音），以及系出公务员世家全才自信八面玲珑的超阳光青年长谷部丰（铃木达央 配音）。在从业八年但极度缺乏依靠感和存在感的前辈一宫大志的指导下，三人展开全新的职场生活。这里有非常热衷Cosplay宁愿以临时职员身份就职的前辈千早惠（丰崎爱生 配音），过度依恋哥哥经常来区役所刁难捣乱的一宫塔子（大久保瑠美 配音），更有内向到不露真身而依靠玩偶兔子指导工作的课长百井兼蔵（小山力也 配音）。看似枯燥的区役所，性格各异的人们让这里乐趣多多……本片根据高津カリノ创作的四格漫画改编。
——虽然很突然，但世界已经灭亡了。1000年前一度毁灭的地球，由名为“Y”的传说中的时钟技师以时钟装置再构筑而成的世界。吊车尾高中生·见浦直人，与“Y”所留下的自动人偶琉珠，以及天才时钟技师少女·玛丽相遇了。当他们的能力相互咬合时，命运的齿轮开始转动。不断重复破裂与延命，将即将崩坏的地球（“时钟机关之星”）修复的时钟朋克·幻想剧！
神秘事件管理机构「民调局」的特别调查员沈辣，在执行任务中身受重伤，濒死之际接受了六室主任吴仁荻的传承-蕴含神秘力量的“种子”。苏醒后，吴仁荻师兄-广仁收其为徒。为寻天理图碎片，沈辣在历经天山狼冢、能量反噬、基金会密谋等事件后，终获吴仁荻认可，得到他给与的远古神器-罪罚双剑。与此同时，民调局的内鬼问题也更加扑朔迷离，沈辣和搭档孙德胜再次投入战斗。
