新的学期开始了，外表凶狠但内心纯良的少年高须龙儿（间岛淳司 配音）决心利用重新分班的机会一扫往日同学对他的误解。更让他高兴的是，自己即将和暗恋了一年有余的栉枝实乃梨（堀江由衣 配音）成为同班同学。除此之外，还有多年的死党北村祐作（野岛裕史 配音）陪伴，一段崭新的高中生活展现在了龙儿的眼前。少女逢坂大河（钉宫理惠 配音）的出现吸引了龙儿的目光，并不是因为此人傲娇腹黑的别扭个性，而是因为在偶然中，龙儿发现，大河居然暗恋着自己的好友祐作。
桃夭、柳公子、磨牙、滚滚一行为了寻找失踪的百妖谱，开启了在洛阳城的探险。期间遇到了绛君、咸鼠、佛眼、玄狏、婴源、人渠、狭怪以及智斗大BOSS百妖谱。
人类遭逢了名为“空间震”的新型灾害。震撼空间、将一切破坏殆尽的这一灾厄，是由于精灵自临界显现而发生的。为了阻止空间震，使人类免遭灾厄而必须采取的措施，是使用武力歼灭精灵，或者是——“与其约会，使其娇羞”！让精灵娇羞，再通过“亲吻”即可封印其力量——拥有这种能力的高中生·五河士道。为了人类的和平，也为了拯救精灵们——士道在和她们的“约会”中来回奔走。对士道敞开心扉的精灵·十香、四糸乃、琴里、耶俱矢、夕弦、美九，为歼灭精灵而行动的AST，企图利用精灵的DEM，尝试与精灵对话的拉塔托斯克，以及，需要令其娇羞的新精灵——将这一切全部卷入，新的战争约会开始了——
宿海仁太（入野自由 配音）、本间芽衣子（茅野爱衣 配音）、安城鸣子（户松遥 配音） 久川铁道（近藤孝行 配音）、松雪集（樱井孝宏 配音）、鹤见知利子（早见沙织 配音）6个人曾是童年最要好的玩伴，他们彼此亲密无间，以各自的绰号相称。6个小家伙甚至建立了一个秘密基地，并给他们这个小团体命名为“超平和Busters”。然而，一场意外让孩子们的心中互生芥蒂，随着年龄的增长，他们渐行渐远，走上不同的人生旅途，彼此失掉了联系。某天，“面码”芽衣子突然出现在仁太的面前，仁太惊讶的发现芽衣子的容貌和性格几乎从未被时光所改变。在芽衣子的号召下，失落的好友们重新走到了一起……
[TV动画] 明日方舟 [RISE FROM EMBER] 制作确认！博士，很高兴再次见到你。
