自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
一场宇宙风暴带来了物种的变异。城市中的毒尸巨怪，挥动着战斧咆哮。丛林中的异兽们，争夺着领地的主权。人类也觉醒了一种名为星力的异能……没有星力的周正穿越到这个末世。利用游戏中盗贼的角色能力，他将撕毁黑暗迷雾，追逐至高的力量。
五十年前，江湖突然被 “混沌”入侵，慕容穹组建魔教对抗，艰难苦战不得胜利。神使易枝花降临，教会众人妖化功法成功战胜混沌。可神使离开，妖化功法传入江湖后失控，慕容穹失望退隐。他的手下余化冰趁机上位，改良妖化功法，竟创造出朋克真气时代，让江湖欣欣向荣，但代价就是江湖客们都变成了“上功怪“”。有着赤子心的少年东方胜，找到了归隐在向西饭店的慕容穹，想靠他恢复昔日江湖荣光，啼笑皆非的故事自此拉开帷幕……
六張卡片從天而降，這是參加『命運之戰』的資格，贏到最後的人將能實現願望。
