自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
十方圣王皆是我弟子
大战过后，森林一派祥和，舒克贝塔航空公司又恢复了正常运转。谁也没想到平静的生活会被一桩不起眼的盗窃案打破-舒克贝塔从一伙蒙面鼠窃贼手中截获了半张神秘的藏宝图，而图中的坐标指向当年舒克流放海盗的小岛。
