平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。
这个世界上存在着异形之物，其姿态千变万化，即为“妖梦”，以除去妖梦为业的，即为异界士。本作主人公神原秋人（KENN 配音），看起来是个普通的高二男生，实际上是由人类和妖梦结合而诞生的“半妖”。拥有不死之身的他，于某个黄昏，在校园天台遇见一名想要跳楼的少女栗山未来（种田梨纱 配音），出乎意料的是，少女居然对他发起了攻击。原来，看起来是个普通新生的眼镜美少女，竟是一名能够操纵血的异界士。
