云飞雪的父亲云天罡与哥哥云飞山在八年前在护送龙脉的任务中惨遭暗算，云家血脉仅剩年幼的云飞雪，而云飞雪也被一股神秘的力量所寄生，那股力量竟与云飞雪合二为一，并幻化出一个与他一模一样的幻影，幻影寄生于云飞雪的意识之中，时刻准备着积蓄力量，吞噬掉他的神魂。刚刚压制住体内幻影的云飞雪收到父兄惨死的噩耗，心知若想为亲人报仇，重振云家，只有韬光养晦，隐藏实力。他明里游手好闲，背地里却聚集了一个名叫“暗影”的组织，暗中调查当年谜案。
一方霸主、名扬大陆的乾元帝尊楚临遭人暗害，坠亡深海，却重生到一个废物身上，还误打误撞收获了一个从天而降的女帝老婆！
一个小小的维修工李青，原本过着普普通通的打工生活，却莫名的被牵扯到大家族的斗争中，而他本人的背后却有着惊天的秘密！
对音乐一窍不通的孔却却是以唱作全能见称的偶像歌手，原因是背后为之代唱的胡历。胡历有着极高的音乐天赋，但由于脸上的伤疤导致无法站在台前。为了赚钱治疗住院的母亲，情愿放弃自己的音乐梦想，签下巨额的契约站在幕后做孔却的代唱。正当一切事情风平浪静的时候，却被一个神秘人揭露了代唱的秘密。巨额的违约金和社会的众多舆论，将胡历逼上绝路。这时孔却的对手纪鹤天的出现改变了胡历悲惨的命运。在自己的努力和朋友的帮助下，最终胡历勇敢地站上了舞台，重拾回自己的梦想。然而这美好的一幕背后却隐藏更大的阴谋……
在一次护送公司机密文件的途中，旭日重工的普通职员冈岛绿郎（浪川大辅 配音）遭到了名叫黑礁商会的神秘组织的袭击和绑架，机密文件亦被夺走。为了保证秘密不被泄露，旭日重工采取了消抹行动——包括文件和冈岛绿郎本人。在得知了自己被公司抛弃的消息之后，冈岛决定用自己的方式为自己谋得一条生路。冈岛向黑礁商会提出了入会的要求，并通过实际行动证明了自己的能力，之后以“洛克”之名开始全新的生活。精明冷静的首领达奇（礒部勉 配音），个性刚强的双抢手薇拉（丰口惠美 配音），开朗淡泊的机械师本尼（平田广明 配音），在这些神秘人物的围绕下，洛克逐渐找到了同伴的感觉，同时，一条充满了危机与冒险的道路也在他的面前展开了。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
