云飞雪的父亲云天罡与哥哥云飞山在八年前在护送龙脉的任务中惨遭暗算，云家血脉仅剩年幼的云飞雪，而云飞雪也被一股神秘的力量所寄生，那股力量竟与云飞雪合二为一，并幻化出一个与他一模一样的幻影，幻影寄生于云飞雪的意识之中，时刻准备着积蓄力量，吞噬掉他的神魂。刚刚压制住体内幻影的云飞雪收到父兄惨死的噩耗，心知若想为亲人报仇，重振云家，只有韬光养晦，隐藏实力。他明里游手好闲，背地里却聚集了一个名叫“暗影”的组织，暗中调查当年谜案。
基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！
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上古十大神器“太一轮”，因在其刻上了“太白克太辰”，使得历史产生了巨大的变化。太白帝国由于量产“机关兽”，并用其强大的武力掌握了神州大地。但野心无垠，太白帝国为了追求比神州大地更辽阔的版图，意图取得天下。时为太白历99年。太白帝国疆土底下烽烟四起，天下各地都持续着帝国与反抗军的战斗。在用古代动力驱动的帝国“机关兽”面前，一名反抗军少女手持传说中神器之一“轩辕剑”挺身而出。而那时，少女的青梅竹马少年却沦为帝国的奴隶。命运使然，即使少年的聚落曾被袭击，他仍然无法自拔地深陷于机关术的魅力之中。在历经了生离死别各种造化之后，两人皆以为与对方生死相别却又重逢时，众人的命运，也尽被卷入了历史的滚滚浪涛之中。
叶家废柴少主叶凡丹田被废，受尽屈辱，在遍尝人间冷暖以后，获得了虚假的记忆与强大的力量，仍坚守本心，最终踏上拯救苍生的旅途。
在这一季里，超级飞侠们都升级成为了愿望守护者 。
山本崇一朗漫画《就算这样，步还是靠了过来》宣布TV动画化
