随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
和电影不同，《魁拔妖侠传》将承担完整讲述主角们“前世今生”的任务，并将魁拔史诗宏达的世界观全面展开。在电影中，蛮小满、蛮吉、卡拉肖克潘、阿离公主各自展现了魅力，但未来得及把全部的谜底揭开——而这些“藏起来”的故事和历史，将在《魁拔妖侠传》中一一展开。
为寻找失联七天的妹妹秦晚，珍珍来到妹妹刚认回的亲生家庭，却不知一场危机正等着她。本以为妹妹寻到亲生父母会过得很幸福，可面对秦晚亲生父母的嫌弃、假千金秦茉的傲慢，以及其未婚夫贺凌安的冷漠，她才知道这就是妹妹失踪的原因。
