故事的序曲从国中一年级开始。长相乖巧可爱的少女吉冈双叶（内田真礼 配音）不擅长应付男生，总觉得男生很讨厌，唯独隔壁班的田中，在她眼中是一个特别的存在。然而，和田中的青涩恋情还没开始，就随着他的转校而凋谢。转眼间，双叶已经是高一学生。因为国中时曾经被班上的女生排挤，她决定伪装自己原本的样子。 在一个平常的课间，她意外遇见一个长得很像田中的男生，他的身高和声音都跟国中时相差很大，这个叫马渕洸（梶裕贵 配音）的男生究竟是不是当年那个腼腆秀气的田中？砰然心跳，稚嫩青涩的闪烁青春，已经拉开帷幕。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
一场宇宙风暴带来了物种的变异。城市中的毒尸巨怪，挥动着战斧咆哮。丛林中的异兽们，争夺着领地的主权。人类也觉醒了一种名为星力的异能……没有星力的周正穿越到这个末世。利用游戏中盗贼的角色能力，他将撕毁黑暗迷雾，追逐至高的力量。
影子特工再度来袭！宝石族精灵竟然成了关键所在！东方桃子与伙伴们一边为救治师父森木宇冲击仙蜜试炼赛冠军，一边暗中追查潜伏在参赛者中的卧底，可她并不知道，一个为她量身打造的致命陷阱已在前方静静等候，而这一切竟然牵扯着千年前黑星卡师的秘密。
遥远未来，世界人口数在迎来巅峰后，开始呈现下降的趋势。人类为了让物种繁荣存续，制作出管理生态系的AI，并执行「人类多样化实验」。常人、兽人、魔族等经过遗传因子改造诞生的「多样人种」，在环绕高壁的生活圈之中，打造出被称作「CLUSTA」的「多样城镇」。有着丰富人口的「CLUSTA」，在各地都有不同的文化发展以及适合在地生活的人类居住。
《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
插花婆婆老年丧女，因无法接受现实，受奸人“亦邪”的蛊惑，种下一株能“借尸还魂”的仙草。多年后，仙草长成了一座活着的大山——玲珑山，其方圆数十里内的万物生灵因诅咒发生了变异。小道士小宇外出寻找师傅，途中误入玲珑山，发现了它的秘密，而随着玲珑山的成熟，传说中死去的小女孩也即将复活……
长达一个多小时的特别版，imdb收录为第七集第25集，但是在美国有发行DVD，想像海绵宝宝要和Sandy结婚了？！
