故事的序曲从国中一年级开始。长相乖巧可爱的少女吉冈双叶（内田真礼 配音）不擅长应付男生，总觉得男生很讨厌，唯独隔壁班的田中，在她眼中是一个特别的存在。然而，和田中的青涩恋情还没开始，就随着他的转校而凋谢。转眼间，双叶已经是高一学生。因为国中时曾经被班上的女生排挤，她决定伪装自己原本的样子。 在一个平常的课间，她意外遇见一个长得很像田中的男生，他的身高和声音都跟国中时相差很大，这个叫马渕洸（梶裕贵 配音）的男生究竟是不是当年那个腼腆秀气的田中？砰然心跳，稚嫩青涩的闪烁青春，已经拉开帷幕。
该剧集延续上一部《金光御九界之墨武侠锋》，讲述了墨乱祸世，九界濒危，墨家九算野心逐一浮现，俏如来等人如何一阻墨乱；另一边，佛门变劫再临，紫金钵之秘将揭开千年圣战，九界之一的佛界天门与地门之间再起冲突！
故事发生在十七世纪的中国，被镇压千年的恶魔黑狐王挣脱了桎梏，带着它的爪牙来到人间，四处作威作福，妄图成为世界的霸主。百姓们实在无法忍受水深火热的生活，于是来到少林，请求僧人们出谋划策，打败黑狐王。
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本动画片故事内容以单元剧为主，在每一集中，拟人化飞机主角乐迪都会飞往世界各地不同的区域，为小朋友们递送他们所需要的包裹，因此观众们将跟随乐迪穿梭于世界各地，看超级飞侠团队运用各自团队的过人能力，帮助小朋友们解决困难。同时，本片中还会呈现世界各地的文化特色，如当地的常用语、当地有名的美食、名人趣事以及有趣的风俗习惯等。通过这部动画片，孩子们能够从中感受到快乐，拓展对世界各地文化的认识，并且学习到超级飞侠和小朋友们团结友爱、热情善良、互帮互助、一起成长的美好品质。
