在2016年电影的事后，弗兰克、布伦达、巴瑞和萨米试图建立自己的食物社会。
主角就读于私立学校“私立天堂学院”。蓝天日み和星川み月。Himari 的梦想是成为 Aipri......结交 10,000 个朋友！但在陌生人面前害羞又紧张的 Himari，可能有点困难...现在 Himari 竟然和 AiPriii 一起首次亮相！？我甚至不能告诉我最好的朋友Mitsuki“秘密”已经揭晓！不过，Mitsuki 也有一些似乎有一个“秘密”……怀揣着秘密的Himari和Mitsuki开始了他们的AiPri关系！！
故事发生在大名鼎鼎的绫薙学园之中，这里是孕育音乐艺能界新星的温床。在所有学科之中，“音乐学科”位居金字塔的上层，而由三年级顶级生所组成的“华樱会”更是学生们可望不可及的神圣存在，传说，被华樱会的首领凤树（诹访部顺一 配音）所选中的人，将会接收他的“特别指导”，送往无可估量的前途。初来乍到的新人星谷悠太（花江夏树 配音）、容易害羞怯场的那雪透（小野贤章 配音）、资质优异却容易冲动的月皇海斗（朗斯贝里·亚瑟 配音）、沉默寡言容易被人误解的天花寺翔（细谷佳正 配音）、心地善良外冷内热的空闲愁（前野智昭 配音），他们虽然拥有着无限的潜力，却因为各自的种种而成为了落选者，凤树的出现改变了他们的命运。
吊儿郎当的咸鱼哥，依旧在鱼神岛上享受着平凡且快乐的日常生活。而来自南天门集团的神仙们，为了调查失窃的神牌位，打破了小岛原本的平静。
圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯战争。
