自上一季结束后，波杰克（威尔·阿奈特 Will Arnett 配音）便失去了消息，音信全无。花生酱先生（保罗·F·汤普金斯 Paul F. Tompkins 配音）决定参加州长的竞选，作为他的妻子，戴安（爱丽森·布里 Alison Brie 配音）虽然心里有着一百个不情愿，却依然只能选择鼎力相助。凯瑟琳公主（艾米·塞德丽丝 Amy Sedaris 饰）的恋爱看似顺利的进行的，然而，当她前往男友家中做客时才发现，一只猫想要和一只老鼠在一起，必须接受数不尽的严峻考验。一只名叫藿莉的小母马找到了波杰克，声称自己有可能是他的女儿，无奈之下，波杰克只得带着藿莉踏上了寻母之旅。与此同时，波杰克的母亲碧翠丝被赶出了养老院，波杰克将她带回了家，这一次，波杰克的家人们真正的回到了他的身边。
“瞧一瞧看一看，暗芝居表演开始喽~”伴随着稀疏冷清的鼓声，江湖艺人（津田宽治 配音）鬼魅的吆喝声再度响起，充满好奇心的孩子从四面八方聚过来，一同观看哪一个有一个让人胆战心惊并且回味起来已经冷汗直冒的恐怖故事。承接第一季，《暗芝居》的故事继续以洋片（纸芝居）的表现形式讲述短小精悍的恐怖故事，而此次制作阵容得到壮大，在恐怖领域占有重要席位的清水崇（《咒怨》）、井口升（《无限富江》）等导演相继加盟，无疑提升了本作第二季的恐怖指数。片尾曲方面，初音带来的《四十九日目》，其邪典气息不逊于前作。此外，官网依然不定期提供恐怖短篇小说，让爱好者们继续在幽暗的世界里徜徉。
被热爱职业摔跤的父亲从小悉心培养长大的华园光（后藤邑子 配音）是个摔跤高手，她从没碰到过对手，直到泷岛彗（福山润 配音）的出现。为了打败彗，光说服父亲考进了白选馆学园高校，并进入了S•A班。所谓S•A班就是special A班，尖子班中的尖子班，只有全年级前七名的精英学生才能进入S•A班。但是光在这里依然打不败全年级第一的彗，还被彗戏谑地称作永远的第二名。除了彗和光，S•A班里还有第三名、第四名的天才音乐家的孩子山本纯（代永翼 配音）和山本芽（高垣彩阳 配音）双胞胎兄妹；第五名的学院理事长的儿子狩野宙（下野紘 配音）；第六名的航空公司社长千金东堂明（生天目仁美 配音）；第七名的体育用品公司社长的儿子辻龙（堀江一真 配音）。光一次次挑战彗的故事还在继续……
故事发生在秀知院学园之中，只有在智商上非常顶尖的少年少女们才能够获得进入这所学园学习的资格，而在学园的学生会中，更是汇聚了就算在这间学园里也能算得上是数一数二的精英们。白银御行（古川慎 配音）是学生会的会长，虽然出生在贫穷的家庭之中，但他凭借着自己的极端努力在学生中脱颖而出。
