第一集中，变异人在X教授的指挥下，将邪恶的万磁王打入冷宫，但是依然得不到社会的承认。在一次政治要人遭到暗杀后，所有的矛头又一次指向变异人。这一次，X教授也感到压力大增，以致于跟美国总统都要就此事进行磋商。一个拥有很高声誉的前将军，率领着反对变异人的联盟连续对x教授施压。万磁王在这种情况下，不得不寻找与X教授联手抵抗前将军的方式。金钢狼的身世也将在本集中进一步揭开。

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。                     

这一回，聪明勇敢的卡门（阿丽夏·潘娜维加 Alexa PenaVega 饰）遭遇到了前所未有的危机，她的精神被一位疯狂的玩具制造商（西尔维斯特·史泰龙 Sylvester Stallone 饰）困在了他一手制造的虚拟游戏世界中。

炳古（申河均 饰）是一个喜欢研究外星人问题的韩国青年。他不但坚信有ET的存在，还把地球上种种坏事情都归咎于外星人作祟。炳古的母亲在工厂里死去，这件事给了炳古沉重的打击，他的精神始终处于某种不正常的状态。工厂的主席，因此成为炳古心目中认定的潜伏在地球的外星人。他不顾后果的绑架了工厂主席，逼他说出外星人要侵害地球的阴谋。但是，没有人相信他的“混话”，警方介入这个绑架案，而炳古也陷入了危险当中。也许，男主角的预言并没有错，但是毁灭地球的，就没有人类的份吗？

正当几个平凡的少年无意发现了一处古怪的外星武器基地时，外星人突然出现抢回了武器，..

某天，世界各地接连出现奇怪现象：安装心脏起搏器的病人突然暴亡、鸽子迷失方向四处乱撞、金门大桥断裂、罗马竞技场遭到密集雷电袭击……一时间，人类陷入前所未有的恐慌，似乎恐怖的世界末日就在眼前。各国政府及军队紧急动员，急切找到这一连串灾难发生的原因。在这关键时刻，地质物理学家乔许·凯斯（艾伦·艾克哈特 Aaron Eckhart 饰）探明真相，原来地核因某种未知的原因停止转动，导致磁场消失。为了拯救人类和地球，乔许以及蕾贝卡·柴德（希拉里·斯万克 Hilary Swank 饰）、罗伯特·艾维森（布鲁斯·格林伍德 Bruce Greenwood 饰）等专家组成一支救援小组，共同前往地球中心实行艰巨而充满危险的拯救任务。人类的命运命悬一线…

工程师詹宁斯（本·阿弗莱克 Ben Affleck饰）是个高科技天才。他屡屡受聘于各种项目研究，获得丰厚酬劳，但为了高度保密，条件是完工后他必须被删掉大脑中的短期记忆。此次詹宁斯的任务报酬达到了天价，而他必须花费长达几年的时间投身于这个新产品研发。当产品完工后，令人意外的事情发生了。詹宁斯竟然没有得到承诺的报酬，取而代之的是一个信封，里面装着一封他自愿放弃酬劳的声明。詹宁斯大为惊讶，当他要查个水落石出时，却发觉麻烦惹得越来越大了。联邦调查局和公司的老板都对他穷追不舍，要把他置于死地。这一系列神秘的事件，更让詹宁斯相信，背后肯定有着不为人知的真相。果然，一场周密的阴谋随着他的追查渐渐浮出水面。