故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中

花畑佳子（悠木碧 配音）是一个实实在在的笨蛋。不仅学习力为零，常常收获零分的考卷，在生活中，也是个完全不认路，总是莫名其妙惹出各种各样麻烦的问题人物。可是，佳子虽然脑袋笨，却拥有一颗闪闪发光的善良的内心。阿久津明（杉田智和 配音）和佳子刚好相反，他拥有绝顶聪明的头脑，却不擅长一切和运动有关的事情。是他一直陪伴在佳子身边，照顾着她的学习和生活。温柔迷糊的隅野沙耶香（原田彩枫 配音）是佳子唯一的也是最好的朋友，她的言行举止常常在不知不觉之中被佳子带歪。风纪委员长（上坂堇 配音）苦苦的暗恋着津明，佳子对于她来说，是情敌一般的存在。

因上帝的错误而死去的主角，在异世界开始了第二次生命。他拥有的是神赋予他的身体，以及即使在异世界也能使用的智能手机。在结识各种各样的人、结交重要朋友的过程中，主角最终得知了这个世界的秘密。继承古老文明的遗产，他轻松游历世界，同时与世界上随和的王者联手。

并非此处的世界，并非此时的时代。被称作将军的执政者们所治理的草原与沙漠的国度·土耳基将国。12年前，在与邻国·巴尔特兰帝国之间的战争中失去母亲的玛法姆特，期盼着和平的国家，而成为了土耳基史上最年轻的将军。但，随着土耳基因交易获得巨万财富而取回了安宁，帝国的侵略再度开始了。与搭档犬鹫·伊斯卡达尔一起，为了粉碎席卷国家之间的阴谋与策略而行动的玛法姆特，究竟要如何将自己的祖国导向和平？——在理想与现实的夹缝中，他所采取的行动是……

故事讲述了青梅竹马之间、学生会长与不良少女之间、前辈与后辈之间、同学之间等多种不同角色的恋爱群像剧。

热爱自由的高中生·纳村不道转学到了爱地共生学园，其校中正实行由武装起来的女生们对男生的冷血支配。纳村刚一转学，就被统率学园的天下五剑之一、使用鹿岛神传直心影流的「鬼瓦轮」盯上，并作为肃清对象被卷入了对决之中…