这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。
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故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
从小便能看见妖怪的少年夏目贵志。自从他从祖母玲子那里继承了与妖怪成为主从并将其名字书写在上的契约书“友人帐”以来，便与自称为保镖的妖怪猫咪老师一同，开始了将名字返还给妖怪的每一天。夏目与各种各样的妖怪与善良人们相遇，在构筑温暖的场所同时，也反复寄托着想要守护重要之物的想法。
2100年，地球能源已接近枯竭，环境污染日趋严重。.. 为了实现地外星系探索计划，人类制造了名为赛尔的机器人，并建造能源探索飞船赛尔号。在宇宙探索过程中，他们还发现了外星精灵，这些精灵们成为了赛尔机器人探寻新能源的重要帮手和伙伴。而以宇宙海盗欧比组织为首的邪恶势力正在肆意掠夺宇宙资源，为了挫败他们的阴谋，英勇的赛尔们和正义的精灵伙伴们一起为守护宇宙和平而战……
本作主人公是三只拟人化的熊，分别是热血灰熊Grizzly（埃里克·埃德尔斯坦 Eric Edelstein 配音），宅男熊猫panda（鲍比·莫伊尼汉 Bobby Moynihan 配音），全能北极熊Ice Bear（迪米特利·马丁 Demetri Martin 配音）。三个熊兄弟一同住在森林的一个山洞里，常常碰到出其不意的事情，它们既有人类朋友Chloe，也有大脚怪朋友查理。三个熊兄弟按照周围人类的行为准则，竭尽所能成为人类社会的一员。
为了对抗突然出现的人类之敌「涅洛伊」，世界各国组成了联合军。
温氏横行，生灵涂炭。江湖仙门义士发动“射日之征”，合力讨伐温氏。“夷陵老祖”魏无羡虽在推翻温氏中立下了汗马功劳，却因修非常道且太过强大而遭人忌惮坑害，致万人唾骂，被情同手足的师弟带人端了老巢，身陨形灭…… 十三年后，魏无羡被人献舍，并再度与姑苏蓝氏蓝忘机、云梦江氏江澄等旧人相遇，前尘谜团未消，江湖疑云再起。 而这一切恩怨情仇，都要从他们少年时说起……
