岩仓玲音的同学四方田千砂自杀了。没有任何前兆的自杀事件让同学们不知所措，一周后，玲音收到了千砂的短信。明明已死的千砂居然以手机短信和玲音开始了交流。回到家，玲音用爸爸给她的电脑开始与千砂联系。当谈及为何自杀时，千砂回答说“因为我已经不需要身体了，没有身体，我可以在wired网络之间继续活着。”不解的玲音继续调查千砂的事件，发现wired网络之中隐藏的巨大秘密，玲音自己的身世也出现了谜团。玲音面对网络世界中的真相，耳边不断响起千砂的话“我生存在wired中，因为神在那里。
上古神兽貔貅皮皮来到了人间，为了躲避人类追捕，逃到了好友四不像开的专门帮助神兽的鹿人店，并结识了一群来自四面八方，性格各异的神兽，开始了远离人烟，轻松惬意的日常。
4年了，距离那场私人武装组织——天人与人类联盟军的决战过去4年了。
一位名叫欧米的年轻小林僧人，有着巨大的黄色头颅，带领着其他三名学生收集被称为“神功武”的强大物品，同时与同样追逐这些文物的邪恶杰克·斯派塞展开战斗
百变校巴带领同学们到户外写生，期间，他们遇到了可爱的动物，神奇的自然现象，特别的建筑等，在探索自然的过程中小朋友激发出强大的想象力和创造力。
三年前的那场事故 使得凉宫遥以及鸣海孝之的人生发生了巨大的变化。
