宇宙殖民地移民经过数百年的宇宙时代，争夺地球圈霸权的战争结束了，本以为和平的时代已经来临，然而却是快要面临着崩毁。
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故事讲述自东京大地震的十年后，人们逐渐淡忘这场大灾难所带来的恐怖回忆，而当时亲身经历了这场灾难的五十岚丸太，却因为当时的意外而失去了记忆。现在的丸太与其他同学一样过着普通而又平凡无奇的每一天，但这一切后来都被打破了。有一天，一名“红色男子”突然现身学校，并将在场所有丸太的同班同学杀害了，虽然只有丸太得以幸存，但这也彻底改变了他的命运。本应被拯救了的丸太，却被冠上莫须有的罪名并处以“死刑”，被强制送进了完全民营化的监狱“DEADMAN WONDERLAND（亡灵幻境）”。亡灵幻境是以东京复兴为目的，在日本建立了唯一的完全民营化刑务所，表面上是为了囚犯而建立，并让人观光的乐园，但其实是所利用死囚互相厮杀，藉此吸引大量金钱投资，并把拥有特殊能力的死囚来做实验的不人道之地。在这充满绝望的“乐园”里，丸太和神秘少女・白再次相遇……
伍六七接到神秘任务过程中却意外丧失记忆，为了唤醒记忆，伍六七去到过往记忆发生的地方见到记忆相关的人，其身世之谜也随之逐渐浮出水面。
现代少年莫梵，在一次偶然事故后，变成天赋灵纹被夺的莫家嫡系少爷莫梵。在”金手指消息早知道“（早大人）的帮助下，莫梵恢复了天赋，并从早大人提供的信息中，得知青玄王宝藏的消息，同时也提前预知了爷爷数日后就会走火入魔的消息。为得到青玄王留下的传承来救爷爷，莫凡向青玄王的残魂立下心魔大誓……经历一系列事件，莫梵恢复并提升了自己的天赋灵纹。在成功解决家族内乱之后，为了救回为自己挡招而魂魄受损的侍女小玉，莫梵努力获得进入北风学院的名额，却从此际遇非凡，人生风卷云涌，开始了一代丹圣、商神、武帝之路。莫梵在帝都北风学院获得神秘高人虓台丹士的赏识，得以修习真火化气之法，并拿到修复小玉魂魄的关键道具。本以为能够成功将小玉魂魄修复，小玉却反而发生了强烈的异变，分裂成两个人格。而虓台丹士表明这可能与她的身世相关。为了治好小玉，莫梵一路跋涉妖灵域、西陵域，找寻其身世之谜。最终在西陵域，莫梵弄清小玉乃是巫族圣女，也正好撞上了血妖王灭世的阴谋。为了小玉，为了苍生，亦为了与血妖王有血仇的青玄王，莫梵以凡人之力苦苦对抗近神的血妖王。终在伙伴的爱与帮助之下，成功战胜了血妖王，得到了重新建立世界的机会。
