《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
天元大陸，有大能力者可移山倒海，踢星踏月，拳破青天，腳碎大地！ 葉銘，一介凡流，庶子出身，爲報血仇，自強不息。 機緣之下，獲“神靈寶衣”，服“築基神丹”，修“通天經圖”。 心誠志豎，勇猛精進，凡擋修武之路者，殺無赦！ 不朽皇朝，萬古大
男主角卜部征人被自己的爸爸捧为新兴宗教「神地崇教」的接班人，在献祭仪式中意外转生到异世界。征人原以为终于不会有人因为被笑信奉邪教而疏远他，但这个国家饱受皇家爆政所苦，不忍好友被无故赐死的征人默默祈祷，拥有超强神力的「御灵」马上前来搭救他，而这个御灵竟然就是神地崇教的真神 「御灵」……
以沉默的出租车司机「小户川」为主角，故事围绕在他与各种性格古怪的乘客之间，最终将联系到一名高中少女失踪的真相。
东京都中央区月岛。从江户时代开始至今已有400多年历史的“高耳神社”。被祭祀的神明，是从异世界召唤来的、完全家里蹲的精灵爱尔达。侍奉神明爱尔达的，是高耳神社的第15代巫女，小金井小糸。虽然小糸被享受现代文明和御宅族文化的爱尔达折腾得团团转，但爱尔达告诉小糸的江户文化也让她怦然心动、月岛的人们和小糸之间连绵不断的联系也让爱尔达感到自豪。但这个精灵，还是太懒散了！而且还出现了其他神社的巫女&精灵组合！？连接江户与令和的下町喜剧，开始了！
很久很久以前，户山香澄（寺川爱美 配音）曾经在仰望星空之时感受到了胸中喷涌而出的激烈情感，之后许久，香澄都试图重新找回这种悸动的感觉，可惜无果。某一体，在一家旧货商店里，香澄看到了一把吉他，那一瞬间，胸中鼓动起了熟悉的悸动，带着这把吉他，香澄决定走上音乐道路。从小就以成为一名吉他手为目标的花园妙（大冢纱英 配音）、个性畏畏缩缩却因为演奏贝斯而逐渐找到了自信的牛込里美（西本梨美 配音）、细心体贴温柔稳重的鼓手山吹沙绫（大桥彩香 配音）、个性封闭但智商超高的家里蹲键盘手市谷有咲（伊藤彩沙 配音），少女们聚在一起，亲手演奏出了梦的乐章。
