《STB超级教师》第二季，新学期开始，廖学兵和高二二班的同学们都满怀热情的投入到新学期的学习生活中，然而开学典礼上却传来原校长被换，新校长接管郁金香的消息。紧接着廖学兵被辞退，校董事会之一的贝家提议卖掉郁金香高中换取利润。在多方打探下，众人得知这一切都是贝勇骁的阴谋，在贝晓丹的恳求下，廖学兵答应帮贝晓丹的父亲保住郁金香，为了能够留在学生身边，廖学兵成为了郁金香高中的一名保安…
在一个歌舞升平的安宁盛世，当今圣上广开新政，气象万千。在全国最高等的学府弘文学院，圣上提出开办武举、创立女学。肩负着朝廷重任的柳傲天（吴奇隆 饰）前往弘文学院应聘先生，一路上阴差阳错娶了绿林好汉的女儿路云霏（刘诗诗 饰）却落荒而逃。在此之后，路云霏、宋文文（吴映洁 饰）、慕容月（周奇奇 饰）、范大同（叶祖新 饰）、金仁彬（张哲瀚 饰）等数个性格各异的男女学生进入弘文，在傲天的带领下呈现了欢快有趣的新气象。然而一股不知名的势力却处心积虑想要倾覆弘文学院。守旧势力和革新派，钩心斗角，暗潮涌动。
故事发生在20世纪40年代初，国共两党的蜜月期结束，双方围绕抗日这一议题渐渐撕破颜面。作为国民党王牌特工的特别行动队队长叶尚武（傅程鹏 饰），他和身为共产党的弟弟尚文分处两个阵营。由于感念手足情深，尚武不惜抛却在国民党中的身份，隐姓埋名潜入监狱救出弟弟，却目睹了人世间最 为撕心裂肺的一幕，而这次遭遇也让他的身心遭受巨变。在此之后，尚武化名贺韬重现人间，他杀死残杀弟弟的凶手，进而踏上了疯狂的复仇之旅。在此期间，他的命运与晚报记者庄惠（侯梦莎 饰）联系在了一起。庄惠同样不满国民党镇压百姓、消极抗日的行径，凭借一杆笔发表大量揭露其罪行的犀利文章。
季洁（王茜 饰）带着其他六组成员押解412重犯的途中听到了15声枪响，深入调查发现，这神秘的枪声与一个价值数亿的地产项目“锦绣地”有关。季洁刚准备着手深查此案时，佟林（邢岷山 饰）被任命为六组组长，直接指挥这一案件。岂料，一波未平一波又起，锦绣地股东之一的赵鹏遭绑架，另一关键人物高翔宇跳楼自杀……案情愈发扑朔迷离，所有的线索都围绕着一个叫做陈雪（朱琳 饰）的神秘女人，而曾有卧底经历的佟林与陈雪之间也有着复杂的关系……除了锦绣地的大案，六组还遭遇了不少或大或小的案子，他们能理清这一系列错综复杂的案件挖出真正的幕后黑手吗？
暑假尾聲，一群高中生的平靜生活忽然被打破：自稱Admin的人把他們加進奇怪群組，強制開始一場「死亡遊戲」——在他們除掉身份不明的「目標人物」前，只要不回覆同學訊息就會立即爆頭死亡！班上同學離奇斃命，引起眾人一陣恐慌。性格溫和安於平淡的何晞賢，為了守護自己珍而重之的朋友，開始與Admin之間的角力；希望讓全班生還的楊悅盈，不惜以身犯險亦要揭穿Admin的真面目；想法偏激的石曉陽，極力要找出「目標人物」除之而後快，犧牲小數拯救多數。三人各自按著自己的信念，努力行動、思考，想拯救同學。無奈在死亡壓力之下，班中各人漸漸露出扭曲的本性：柯志恆為了勝出，開始利用遊戲規則殺害同學；有人為了復仇，殘暴地親手殺害同窗；有人為了生還，把重要的身邊人都當成了棋子。本來青春陽光的高中舞台，瞬間變成血與背叛的修羅場……
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘及见习医生曾淑淇的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生与急症科医生向众仁正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹的介入而面临一场情感考验。
曾经贵为香港重案组高级督察的司徒舜（郑嘉颖 饰）过于依赖天眼系统，虽然这种办案方式帮他找到许多破案的关键和证据，却也将他潜入了纵火、毒品的陷阱。为了追查陷害他的真凶，司徒愤而辞职，后在友人介绍下进入一家保安公司担任保安经理，他凭借多年积累的办案知识很快成为该公司的得力干将，在此期间他与新加入公司的郑力行（陈展鹏 饰） 惺惺相惜，情同手足。某次意外，让司徒邂逅私家侦探吴珍妮（杨怡 饰）。这次相遇令司徒重新看到查清纵火真相的希望，同时发现珍妮仿佛拥有某种特殊的能力。
