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故事讲述自东京大地震的十年后，人们逐渐淡忘这场大灾难所带来的恐怖回忆，而当时亲身经历了这场灾难的五十岚丸太，却因为当时的意外而失去了记忆。现在的丸太与其他同学一样过着普通而又平凡无奇的每一天，但这一切后来都被打破了。有一天，一名“红色男子”突然现身学校，并将在场所有丸太的同班同学杀害了，虽然只有丸太得以幸存，但这也彻底改变了他的命运。本应被拯救了的丸太，却被冠上莫须有的罪名并处以“死刑”，被强制送进了完全民营化的监狱“DEADMAN WONDERLAND（亡灵幻境）”。亡灵幻境是以东京复兴为目的，在日本建立了唯一的完全民营化刑务所，表面上是为了囚犯而建立，并让人观光的乐园，但其实是所利用死囚互相厮杀，藉此吸引大量金钱投资，并把拥有特殊能力的死囚来做实验的不人道之地。在这充满绝望的“乐园”里，丸太和神秘少女・白再次相遇……
因为烂尾、断更下了地狱，一代三流写手，竟然被打入了自己小说里面，重生为反派赘婿李...
大学生凌辰，参加学校的研究所实验，结果被冰冻了200年。200年后醒来，发现人类已经毁灭，废土上生活的全是人形化的动物少女。意外解除了凌辰冬眠的，正是一名奶牛少女——伊莉。为了活下去，凌辰发挥自己作为人类的科学文化知识，收集能力各异的兽娘们，扫清野蛮种族的威胁，建立一个末世理想国。
从教会都市出发的商人罗伦斯与贤狼赫罗，为了收集赫罗的故乡约伊兹的情报，而来到了冬季有着大祭典的热闹城市库梅尔森。在这里两人与鱼商人阿玛蒂邂逅了，而且阿玛蒂对赫罗一见钟情，并迅速开始对她展开追求攻势。另一方面，罗伦斯却和赫罗之间的微妙感情却因此加深了误解。然后，罗伦斯和阿玛蒂又因为各自的生意被卷入了大骚动中。
