《本草中国》第二季延续以“本草”为核心要素，讲述的是本草的功能和用法。相对于第一季对本草药采摘、炮制、配伍的环节和流程展示外，第二季把“用药”作为故事的核心，通过本草把医生与患者的故事串联起来，呈现了四十余位以悬壶济世为己任的国医大师与中医药名老专家，展现他们令人叹为观止的医技和关乎生命的感人故事，充分彰显“大医精诚”的力量，渗透属于中国人的生命观、价值观和自然观。在独特的中国传统文化视角下，用传统中医药哲学“天、地、人”的思想统领全片，从而理解中医药中相互交织相互影响的伟大哲学命题内核。
关羽（胡宇崴 饰）和张飞（博焱 饰）因为平日里太爱行侠仗义总是惹出一连串的麻烦而屡屡遭到退学，就在两人走投无路之际，一位名为刘备（陈德修 饰）的男子出现在了他们的面前，刘备说，他们有资格去上全国最好的贵族学校东汉书院，然而学费高昂，仅凭借他一人负担不起。张飞自告奋勇提出能够解决学费问题，于是三人结拜成为兄弟。然而，就在此时，一颗石头从天而降落在了刘备的头上，导致其昏迷不醒。时空黑洞将修、汪大东、丁小雨和王亚瑟四名年轻人给传送了过来。无奈之下，和刘备样貌相似的修只得先留下来假扮刘备，而另外三人则准备将真刘备带回现代寻求治疗的方法。
岳港市第一分队长朱坡，特立独行手脚俐落，对侦查细节绝不放过，对美食更是爱不释口。他所经手的案件中，屡次暗藏集团的犯罪线索，并牵涉一名神秘老练的杀手，让调查更加难以突破。好不容易摆脱菜鸟学妹吴薇、独自去吃锅，又被强迫和注重仪式用餐的杀手黎子东并桌，却意外发现对方也是个专业吃货。两人嗑法不同、各有讲究，气味相投却又不甘示弱，但谁也没想到离开这张餐桌之后，他们过去与未来的命运将随之交错。
