东方神娃化为光明之土和水飞向失去光明的太阳和月亮，天下重现光明。但黑暗势力经过漫长岁月的重生，培育出了黑暗斗士，侵袭人间，人类面临危机。为了平息浩劫，东方神娃经过太阳和月亮的再造又返回天下。可是黑暗斗士把天下猛兽变成了猛兽斗士，成为黑暗的杀手，人类与动物的战斗开始了。东方神娃经过自己的努力感化了猛兽斗士们，并与宇宙斗士们一起再次打败了黑暗之势，拯救了和平的地球。神娃到底依靠什么一次次化险为夷，并战胜了强大的黑暗斗士呢？迷底就要揭出……
高町奈叶（田村由香里 配音）是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺（水桥香织 配音）相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏，接二连三的波折之后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女，开始了一段充满了危险和刺激的奇幻旅程。某日，一位名叫菲特（水树奈奈 配音）的金发少女出现在了奈叶的面前，她和奈叶一样同为回收种子的魔法少女，也就是说，她们的关系是竞争者。奈叶能够打败这样一位强劲的对手吗？对于菲特来说，温柔而又努力的奈叶又是一种怎样的存在呢？
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
天才少女小珍和她的冒险家爷爷发现了一片未被人发现的土地—”恐龙小岛”。恐龙们不分年代、食性、大小都在这片土地上和睦相处，它们拥有智慧、能和人类对话。小珍考虑到恐龙们的安全和生活的便利，建造了最尖端的城市“恐龙小镇”，并组建了恐龙救援队“龙宝小英雄”。可是在恐龙小镇上其实还生活着另一个人，那就是坏蛋科学家阿麦。他为了捕捉恐龙，惹出了各种事端。今天龙宝小英雄们又出动去拯救陷入危机的恐龙了！
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