电视剧版《功夫熊猫》集中讲述了熊猫阿宝在成为“神龙大侠”不久后又面对的重重艰难考验，剧情将填补两部电影版《功夫熊猫》之间的空隙，人物设定将沿用电影版，“中国元素”仍将成为其亮点。此外，电视剧版《功夫熊猫》中将出现不少新角色，“他们大都是反派，功夫盖世，对阿宝造成不小的威胁。”
春日新（松冈祯丞 配音）是一名平凡的少年，某日，一场意外让他和堂妹春日圣（诹访彩花 配音）一同被卷入了通往异世界的漩涡之中，在混乱中，新和圣失散了。为了找到圣，两人一同回到原来的世界中去，新追寻着种种线索进入了王立书册学院成为了那里的一名转校生。
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海绵宝宝是一块穿着短裤衬衫打领带、暴牙大眼睛的黄色海绵，他生活在太平洋中央一片名为比基尼的海底之下。这里风和日丽，平静祥和，生活无忧无虑。海绵宝宝住在一个菠萝形状的房子里，与之为伴的是他的宠物小蜗（蜗牛）。开朗、纯真的海绵宝宝有许多好朋友，比如乐观单纯的派大星、性格古怪的章鱼哥、自私市侩的蟹老板还有力大无穷的松鼠珊蒂。平时他都在蟹老板的快餐店里打工，闲暇时就和好朋友们四处玩乐。这群性格各异的家伙们凑在一起，可真是闹出不少的笑话……
神秘事件管理机构「民调局」的特别调查员沈辣，在执行任务中身受重伤，濒死之际接受了六室主任吴仁荻的传承-蕴含神秘力量的“种子”。苏醒后，吴仁荻师兄-广仁收其为徒。为寻天理图碎片，沈辣在历经天山狼冢、能量反噬、基金会密谋等事件后，终获吴仁荻认可，得到他给与的远古神器-罪罚双剑。与此同时，民调局的内鬼问题也更加扑朔迷离，沈辣和搭档孙德胜再次投入战斗。
