沈安落魄之时收到了一条来自未来自己的短信，让他趁着灵气复苏之前准备好去千灵山，吸收灵气为即将到来的全民修仙时代做准备。在未来自己三番两次的成功预言后，沈安终于相信开始准备前往千灵山吸收灵气，期间偶遇了特殊部门的美女白微微。白微微一行也在寻找灵气出现的地方，奈何比沈安晚了一步，所有灵气被沈安全部吸收。白微微察觉到沈安不是普通人一直派人跟踪监视，沈安身上的秘密也逐渐浮出水面，在未来自己的指引下，沈安找到了当初陷害自己的人并且成功报了仇，又帮助特殊部门重建了地球，保护了全民修仙时代的修士。
东京街头，数具男性尸体被发现，这是一场由“喰种”引发的大骚乱。大学生金木研（花江夏树 配音）原以为这一切离自己很遥远，直到一个夜里，他被自己心爱的女生袭击，原来她竟是以人肉为食的喰种。生命垂危的金木通过器官移植手术，才得以侥幸存活。而移植到金木体内的器官，来源竟然是喰种。 痊愈后，金木发现自己的身体有了某种奇怪的变化，他的一只眼睛出现喰种反应，而且他再也无法进食正常人的食物。让他感到可怕的是，他开始觉得“人类”才是满足自己食欲的对象。曾经只是一个普通人类的金木，难道从此走上狩猎人类、吞食尸体的喰种之路？
第四季《万古仙穹4：银月城篇》接替上季内容，讲述了娲后三魂仅需找到最后一魂便可重生，古海为救小柔，前去银月城阻止大明王神寻到最后一魂。可银月城内却是更加艰险万分，古海将要面对新的挑战。
