《太祖秘史》展现了一代天骄努尔哈赤大情大性的一生，讲述了努尔哈赤和他的女人们的故事。在那个血与火，情与爱的年代，努尔哈赤如一匹奔跑在辽东大地上的孤狼，面对杀父之仇，夺子之痛；众叛亲离，走投无路；终十三甲起兵，统一女真各部，与明朝分庭抗礼，缔造英雄霸业。东哥、佟佳氏、阿巴亥、孟古、那齐娅这五个如清泉一般的绝世美女，用温婉溶化了英雄的铁石心肠，用柔情成就了一代枭雄，但红颜薄命也带给了努尔哈赤此生无可挽回的遗憾，终使英雄郁郁而终………
唐贞观初年，一系列带有神秘色彩的案件频发，先是操作死尸的傀儡术案，接着又是古老的汉代游侠刺客组织重现，利用木人诅咒以及山鬼和天雷等一系列围绕宫廷权贵和皇室秘史的灵异事件屡现。校尉尉迟方无法破案，“娘子军”统领平阳公主之女拂云也屡被卷入案中，幸得隐居于长安的青年才俊李淳风频频相助，利用中国古典医学、术数学、方技侦破案件。而在此过程中，李淳风也与拂云惺惺相惜，萌生爱意。然而为了完成和亲沙陀共讨突厥的使命，两人终以“参商星”喻之，天各一方。
六年前女主安燃（肖雨 饰）接连遭遇母亲车祸身亡、意外怀孕等变故，产下龙凤胎后又被异母妹妹将儿子夺走，赶去国外。六年后安燃携女归来成功复仇，找回了失散多年的儿子并与孩子的父亲司徒墨（徐炳超 饰）再续前缘。
三叶（北乃绮 饰）是冲田总悟（吉沢亮 饰）的姐姐，某一日，她告知弟弟自己即将和一位名叫藏场当马的男子结婚。实际上，三叶和土方十四郎（柳乐优弥 饰）曾经有过一段没有结果的情缘，当时，土方冷漠又决绝的拒绝了三叶的示好，这也是总悟憎恨土方的最主要的原因。可实际上，在他们两人的心中，依然保留着对于彼此最纯粹的感情。三叶的身体一直不好，病情突然恶化的她昏倒被送往了医院。与此同时，真选组组长近藤勋（中村勘九郎 饰）发现，三叶的未婚夫一直在从事着走私军火的非法勾当，在背后支持他的，是庞大而又可怕的黑恶势力。愤怒的总悟决定替姐姐报仇，万事屋的老板坂田银时（小栗旬 饰）亦被卷入其中。
