C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
邪恶头目吞天派遣手下混沌入侵地球，夺取盘古之力。地球最后的守护者——巨神守卫登场迎战却受重伤，临危之际，巨神守卫把自己的力量赋予五位面对危难依然勇于助人的少年。 混沌虽伤重败退，却在吞天的帮助下获得蛮兽卡。东山再起的混沌回到地球，通过引诱拥有负面情绪的人类，让其与蛮兽卡结合变成强大的蛮兽为己所用。虽然吞天一伙看似不可战胜，但少年们组成的巨神战击队坚信自己能挑战不可能，驾驶各具威力的机兽与邪恶力量抗争到底。
该剧描述了生活在Argon城的年轻技工Beck的故事。Argon城虽然位于电子世界的角落，但却是一个快速崛起的都市。Clu的忠实走狗Tesler将军是这里的统治者。Clu的军队离解了Beck的朋友Bodhi，Beck决定为Bodhi报仇。Beck的行为吸引了电子世界最伟大的战士Tron的注意，Tron决定将其培养成自己的接班人。从此以后，绰号「叛逆者」（The Renegade）的Beck开始在电子世界里传播革命的火种，并为电子世界全体公民的自由而战。
在第三季中，乐佩回到了科罗娜王国，拯救自己的父母和瓦里安的父亲，经过一系列冒险终于准备好正视卡桑德拉的背叛和Zhan Tiri的邪恶计划，一场大战一触即发。
