魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
松鼠手环因吸收爆炸能量四分五裂，变成碎片散落在小镇各地，使得小镇发生巨大的变化。张果果则失去了手环的力量，还好我们的三只松鼠吸收了碎片的力量，都拥有了不俗的超能力。
二十年前，世界各地突然出现了为数众多的“灵墟大门”，从中喷涌而出的灵气会让接触到的人觉醒异能。这些觉醒了异能的人，被称之为“灵武者”。与这其中，“空间系”灵武者因为在“兽潮劫难”的突出表现以及其觉醒人数的稀少，成为了最强的代名词。江南在灵州江城的孤儿院长大，从小立志成为最顶级的灵武者，十六岁的他觉醒了最强且最稀有的空间系异能，成为灵洲第二个空间系异能者。本作品的故事就从这里开始……
佟湘玉（闫妮 配音）身为同福客栈的掌柜，却有着不一般的身世和不为人知的过去，她眼观六路耳听八方，为人处世圆滑又不失分寸，是一位能够掌控大局的老板娘。白展堂（沙溢 配音）曾经是江湖传说中的盗圣，如今金盆洗手，成为了客栈的跑堂伙计，为人耿直善良的他和佟湘玉渐渐走到了一起。郭芙蓉（姚晨 配音）平日里大大咧咧，冒冒失失，但有着一颗痴情而正直的心，她满心里想着的，就是和毒舌秀才吕轻侯（喻泰恩 配音）一起双宿双飞，过上日出而作日落而息的幸福生活。小小的同福客栈之中藏龙卧虎，众人在打打闹闹之中撞破了一个惊人的阴谋，在武林之中掀起轩然大波。
该剧集延续上一部《金光御九界之墨武侠锋》，讲述了墨乱祸世，九界濒危，墨家九算野心逐一浮现，俏如来等人如何一阻墨乱；另一边，佛门变劫再临，紫金钵之秘将揭开千年圣战，九界之一的佛界天门与地门之间再起冲突！
