在英国某个村庄，吸血鬼和食尸鬼横行霸道，祸害人间。旨在消灭反基督怪物的皇家国教骑士团（Hellsing）派出强大、恐怖的吸血鬼杀手阿尔卡特，阿尔卡特打败邪物，也间接将倒霉的女警察西洛斯·维多利亚变成吸血鬼，进而成为Hellsing的一员。此后不久，Hellsing总部遭到近乎毁灭性的入侵，随着各种离奇事件层出不穷，一个名为“千禧年”的邪恶组织慢慢浮出水面。他们全由纳粹战败军官组成，为了一雪二战之耻，这群战争狂人不惜制造一支吸血鬼军团。搅合了多方势力的正邪大战就此拉开序幕……
乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
一个偶然拥有“家庭”的杀手，在经历了家庭温暖、感受光明之后，要开始保护世界去赎罪的故事。
故事讲述了在22世纪，日本国已不复存在，取而代之的是被称为“第十七极东帝都管理区”的区域。人们生活在相互信赖、生活安逸的理想世界中，但一种奇怪的致死疾病“Degration”却开始在人间肆虐。而主人公风澄彻则被卷入了与另一个世界的纷争，不得不与另一个自己展开对决…
