转学到远处高中的金泽伸明，由于在之前的学校经历过的某件事，而对于与同班同学亲密相处感到恐惧，封锁了自己的内心，但他以体育祭上的班级对抗接力赛为契机，开始和同学们变得融洽起来。此时，同班同学全员的手机收到了一封自称为“国王”之人所发送的邮件。同班同学们认为这只是单纯的恶作剧而并没当回事，但只有伸明知道此事的含义，并对于要面对即将开始的“死亡”游戏感到内心纠葛……
乐阳是一个乐天向上、热爱探索的男孩，无论什么事情，他都有着浓厚的兴趣，他最喜欢的就是研究太空和宇宙生命的知识，乐阳的爸爸也是太空迷，他很认可孩子这种勇于探索的热情，也相信人类必将更多地接触到外太空，所以十分支持他去主动探索。暑假的一个晚上，乐阳在家门口看着一本讲解宇宙生命体的书，正当他眼睛累了，准备歇息一下的时候，突然，一个不明物体从天而降，像流星一样落下，不偏不倚正好砸在乐阳的头上，让他摔个四脚朝天。乐阳吓了一跳，他赶紧从地上爬起来，看看到底是什么东西，细看之下，原来是一个像陨石一样的小圆球。可这到底是什么，乐阳弄不明白，于是拿给爸爸研究。仔细研究之后，爸爸发现这个小东西来头不简单，它有着能够和外星生命体产生联系，进行沟通的神奇功能，但是，这不是一般人能够使用的，必须到一个专门的教育机构去学习，才能掌握它的使用技巧。要学会使用这个小东西，学问还真不...
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
