故事发生在从近未来到两百年后的历史跨度上，地球文明被三体用一种叫做智子的超级科技锁死，基础研究因而停滞不前。但人类仍然需要在此基础上不断前进来抵御即将到来的三体人的进攻，守卫自己的家园和人类文明。在更广大的基础上，三体文明和人类文明都是黑暗森林下的猎手，小心翼翼的保护好自己并且清理别人，为文明的存续而挣扎。
双亲因飞机失事而去世的龙一&虎太郎兄弟。收养了这两人的是，同样因事故而失去儿子儿媳的森之宫学园理事长。但条件是，龙一必须在学园内设置的保育室负责照顾小孩！为了做母亲的老师而在学园内设置的保育室。为了补足那里的人手不足而创设的“育儿部”，龙一成为了部员第一号……！？
在泽德和艾迪生上学的最后一年，西布鲁克已经成为怪物和人类的避难所，但是当来自星际之间的外来者出现参加啦啦队比赛时，西布鲁克怀疑他们想要的可能不仅仅是一场友好的比赛。
