缝在大脑上的线，俗称“记忆缝线”。1992年爆发了病毒性脑炎疫情，全靠这项医疗技术才得以平息，而到现在，它已经进化为了日常生活不可或缺的侵入式大脑信息终端。所见，所闻，乃至感情——在这个一切都会被记录下来的世界里，对重大犯罪案件进行调查时，需要特殊警探“电索官”来潜入记录的集合体“机忆”之中。天才少女埃缇卡·稗田，保持着成为电索官时的最年轻记录。但她也因为这样的天赋而走到孤立。正在此时，新的搭档，金发碧眼的人型机器人“人类之友”哈罗德，出现在她面前… 在最强的二人面前，一切秘密都将无所遁形！
贫苦的侦探镝矢惣助，遇到了操纵魔法的异世界皇女莎拉。惣助开始了与莎拉的同居生活，莎拉很快就习惯了现代日本。另一方面，在莎拉之后被转移的女骑士莉薇亚，在流浪的同时，过着令人惊喜的生活。向前稳定生活的两个异世界人，不仅影响了惣助，也影响了鬼畜律师、分手公司工作员、宗教人士与住在这区的怪人们……
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在防卫队长官·四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时，“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近…
