突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
大一新生袁君瑭为了接近一直暗恋的学姐朱茱报考了闵松大学，在学校里意外认识了休学的前偶像兼学姐李诗娅后，在李诗娅的主动接近下两人成为朋友，并和朱茱一起组成了好友三人组。朱茱明明察觉了袁君瑭对自己的爱慕之情，但是却始终没有勇气答应，并避免一切和他暖昧的接触，保持着朋友的距离。
自卑、胆小，还有严重的选择困难症，这些让叶小暮生活得并不幸福，一次向喜欢的男生告白失败后，小暮震惊的发现自己有了可以穿越到平行世界的能力，那个世界男神爱她、生活幸福，一切都很好，沉浸在那个世界的同时，小暮却逐渐发现了某个惊人的秘密。
被困在网游《幻界》，历经了177轮删档内测，夏亚攻略了游戏中所有的美女NPC，新手村人妻、教会神官、暗精灵女王候选人、被神明选中的女武神等等。就在他单挑了所有BOSS，用上百种方式把《幻界》通关之后，《幻界》公测了！玩家的不断加入使一成不变的NPC发生了变化，夏亚也决心在公测中找到离开游戏的方法……
