宅博士的父亲宅再佳在勇敢之城探索时失踪，现场唯一留下的一副斗兽棋，也在与反派的争夺中被打散，并幻化成八只棋兽，分散在勇敢之城各个大陆。为了知道斗兽棋中隐藏的秘密，从而找到宅再佳的下落，超人们踏上了收服斗兽棋之旅。随着超人们的进一步调查，他们发现事情远没自己想的那么简单，一个更大的阴谋正逐步浮出水面。
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白色斗篷、高礼帽，单片夹鼻眼镜。出现在午夜的高楼，留下拿走宝石的通知函。这是我们熟知的怪盗基德。在《名侦探柯南》里，他是不亚于工藤新一和江户川柯南的明星人物。而他的真实身份则是高中生黑羽快斗（山口胜平 配音），为了调查父亲的失踪事件，扮起了父亲之前扮演的角色——怪盗基德，希望引出神秘组织的出现，进而调查出事情的真相。
表面上看来，真宫樱（井上麻里奈 配音）只是一介平平无奇的女高中生，然而，童年时代的特殊遭遇让她拥有了能够看见幽灵的特异功能，亦改变了她原本风平浪静的生活。一次偶然中，真宫樱遇见了名为六道轮回（石川界人 配音）的少年，敏感的樱很快就发现了少年的半人半神的真实身份。原来， 六道轮回拥有着一半的死神血统，因此而肩负着超度亡灵的重任，他的正直和善良吸引了樱的注意，两人联手，将一个又一个无法安息的亡魂送入了轮回之轮。随着时间的推移，樱渐渐发现，原来六道轮回的奶奶魂子（雪野五月 配音）正是曾经救过自己性命的死神，而她特殊的命运早在那一刻就已经决定。
以灵能看到的男人·三角康介和除灵师的冷川理人为中心，身着橙色连帽衫的占卜师迎系多，“诅咒屋”的女高中生·非浦英莉可，其保镖的逆木一臣，刑警的半泽日路辉等，故事的主轴描绘了担当主要角色的6人的身姿。
本季主要讲述了在始祖灵兽利用无尽能源替布莱克驱逐了体内的黑暗力量后，无尽能源便消失了，正当SPT
