在豪派第7小学就读的王道游我，是整日发明无数唤为road的小学五年级生。对大人们所管理的决斗而感到无趣的游我，他想要做出谁都能享受的新规则。有一天隔壁班级的rook带来了“决斗王”的传闻。等待充满兴趣的游我与rook到达的地方是，出现在含有深意的石碑前面的神秘人物...要被承认为决斗王，必须在有限的时间内取得决斗胜利“我想出的road，rush duel一定可行！”游我与Rook两个少年，以新的决斗改变无趣世界的故事就要开始！
今鸟星，以国家为单位组成的庞大星球。大国之间常因争夺领土而开战。实力强大的厉国合虚合国开始争夺领土，厉国最强组织“刺”的成员——罗格格多（男主父亲）被指认为叛国者，导致罗格自幼和母亲备受欺侮，丧失立锥之地。在和同伴的斗争中被“刺”成员百鸟凰救下，并受百鸟凰指引进入世界上最混乱，最恐怖的恶人学院，进行修习历练，同时寻找世人口中父亲叛国的真相。而在恶人学院和拥有强大战灵的对手抗争中，罗格被激发出最神秘的黑色“战灵”却无法自控，后由落日学院副院长进行压制，然而罗格对自己体内的神秘...
利欧（松冈祯丞 配音）是出生和成长在孤儿院的男孩，某一日，他脑海中突然涌入了日本大学生天川春人的记忆，此时的利欧才发现，原来自己是通过转生才来到这个剑与魔法的世界中的。恢复了记忆的利欧察觉到自己体内潜藏着强大的魔力，于是决定用这份魔力来做一些有意义的事情。机缘巧合之下，利欧被破格录取进入了贵族子女云集的女校就读，在这里，利欧结识了很多可爱的女孩子们——性格直爽的天才魔导师瑟莉亚（藤田茜 配音）、活泼开朗的兽人少女莱娣法（楠木友利 配音）以及利欧在原来世界的青梅竹马绫濑美春（原田彩枫 配音）。
在边境之地的万年青铜级冒险者的主人公雷特。他十分不幸地遭遇到迷宫深处的强大魔物，败北了。当他回过神来，已然变成骷髅人《skeleton》。如此一来他甚至都无法回到城镇里，在苦恼过后，他回想起魔物存在进化这件事。总而言之，他决定先以得到肉体为目标，在迷宫里打倒魔物。
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
住在森林深处，讨厌与人往来的魔法师──亚伦，不但被称作「魔王」，周遭的人也都对他感到多有畏惧。过着隐士生活的他，某天捡到了倒在路边的千金──夏绿蒂。她被安上莫须有的罪名，更遭到悔婚，从祖国逃到这里来。
