1960年代的中国，一名年轻女性的关键决定掀起跨越时空的波澜，影响了一群身处现代的杰出科学家。自然法则在他们眼前逐渐支离破碎，五位曾经共事的科学家必须再度合作，化解人类史上最重大的威胁。
立花、千代、关根、翼是同一所女校里的好友四人组。看似普通初二学生的她们，其实都隐藏着不可告人的秘密……
友一班上的校外教学旅行的钱被偷了，而偷钱的那个人就是自己好朋友5人组的其中一人。那个人因为欠下2千万的债务，而偷走旅行的钱当做报名朋友游戏的报名费，想要好朋友一起帮忙还清负债。5人虽然不清楚是谁做的，可是基於友情，众人决定一起承担，参加游戏。可是事情却没有想像中的简单，因为他们里头有背叛朋友的人。
袭击了二十世纪的地球的前所未有的大灾害·落星雨。在这场大灾害之下，世界多数的都市遭到毁灭。但，从陨石中发现的未知元素——万应素，让人类的科学技术加速发展，终於诞生出被称作“星脉世代”的、拥有特异之力的新人类。世界最大的综合战斗娱乐项目“星武祭”的舞台，由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市“六花”。转学到星导馆学园高等部的特待生·天雾绫斗，为了实现自己的愿望，而发誓在这个都市中战斗。
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《明日方舟》衍生迷你剧《鲤氏侦探事务所》将于2022年12月23日19:00正式上线
2022 年：一场未来战争在少数人类幸存者和无穷无尽的机器大军之间激烈进行了数十年。1997 年：被称为“天网”的人工智能获得了自我意识，并向人类开战。
