4年了，距离那场私人武装组织——天人与人类联盟军的决战过去4年了。
在与世界隔绝的博尼湾岛上，天才少女小珍与她的冒险家爷爷和一群恐龙们一起和睦的生活在这里，建造了最尖端的城市“恐龙小镇”。可是在恐龙小镇上其实还生活着另一个人，那就是坏蛋科学家阿麦。他为了捉到恐
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
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中学时期绰号为“石”的石森花为了改变自己，考入了拥有自由校园文化的八海高中。和他同班的还有三浦凯，一个有着柠檬色头发、酷酷的、自由奔放的“柠檬汽水男孩”。事实上，哈瓦那在中学时期就见过凯一次，凯的一句话就激励了她选择高中。对于 Hana 来说，人气的世界是遥远的。出于某种原因，凯开始照顾哈瓦那。在凯的鼓励下，哈瓦那逐渐开始融入班级，但是......由于凯的存在，Haohana 的世界正在逐渐改变。现在我正处于无尽的光明之中
空（松冈祯丞 配音）和白（茅野爱衣）是网络世界里人尽皆知的传奇人物，两人在虚拟的战斗中所向披靡，甚至被称为传说一般的存在。然而，在现实世界中，兄妹两人却是连家门都不敢出的“御宅族”，患有严重的人群恐惧症。
