故事发生在原本美丽和平的魔仙世界中，现在，这里已经很久很久没有传出过音乐声了。魔仙女王姬丝美莎的童年玩伴美乐蒂失踪了，也许消失的音乐和美乐蒂的失踪有着千丝万缕的关联。姬丝美莎派出了魔仙堡的小蓝，还有双子星公主贝贝以及美琪、美雪等人来到人间寻找最美丽的音乐“梦幻协奏曲”，同时答应美乐蒂的情报。
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故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
原田巧（内山昂辉 配音）似乎生来就要成为一名投手，在棒球运动上有着极大天赋的他一路走来收获了无数的赞美和荣誉。升入初中后，巧来到了风景秀丽民风淳朴的新田市，在那里，他即将开始初中生活。一次偶然中，一个名为永仓豪（畠中祐 配音）的男生，竟然接住了巧拼尽全力投出的球。两人的相遇让命运的齿轮开始了转动。 巧和豪双双加入了新田东中学棒球部，在那里认识了许多志同道合的朋友们——沉默寡言的队长海音寺一希（梅原裕一郎 配音）、温柔体贴的泽口文人（村濑步 配音）、自信满满的吉贞伸弘（齐藤壮马 配音）、不苟言笑的展西咏司（森岛秀太 配音）。
