故事讲述了在22世纪，日本国已不复存在，取而代之的是被称为“第十七极东帝都管理区”的区域。人们生活在相互信赖、生活安逸的理想世界中，但一种奇怪的致死疾病“Degration”却开始在人间肆虐。而主人公风澄彻则被卷入了与另一个世界的纷争，不得不与另一个自己展开对决…
主角林玄穿越到修仙世界，因资质平平被众人鄙视，却被颜值举世无双、实力深不可测的美女仙帝收下成为唯一的弟子。凭借自身的努力，再靠着师父给予的亿点点资源，林玄开启了每天吃上古龙肉、喝无限灵液、进绝世秘境、练神级功法的修仙之旅。在不断成长过程中，林玄逐渐发现自己师父隐藏的真实身份，她对自己另眼相待的背后还有着令人意想不到的原因。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
本片是一部带有浓郁昭和气息的怪谈动画，每集开头均为傍晚黄昏，著名实力派男星津田宽治配音的江湖艺人高声吆喝，招揽顾客，以洋片（紙芝居）的形式讲述一个又一个短小精悍却恐怖阴森的都市怪谈。如新搬入的公寓贴着奇怪符咒、不断能印出发丝的复印机、为了防止被上身而不得不彻夜欢笑的家族、直通地下13层的诡异电梯……每集均在最紧张时刻戛然而止，使观者在恐慌之际又留下无限回味空间，其风格与《新耳袋》和《毛骨悚然撞鬼经》有异曲同工之妙。故做古旧拙朴的画面和风格幽异的片尾曲，更加为这部短剧增色不少。此外，官网还不定期提供短篇小说供爱好者阅读。
