公元1333年，为日本的武士治国打下基础的镰仓幕府，因为深得信赖的幕臣·足立高氏的谋反而灭亡。失去一切、被推入绝望深渊的幕府正统继承人·北条时行，在自称是神的神官·诹访赖重的指引下逃出了化为焦土的镰仓……。时行在逃亡到诹访后，遇见了值得信赖的伙伴，并慢慢累积夺回镰仓所需的力量。面对时代变迁的惊涛骇浪，与「战斗」、「死亡」的武士生存之道背道而驰，时行选择以「逃跑」、「求生」克服困境。开始于这英雄众多的乱世，时行重新夺回天下的鬼抓人游戏将如何发展呢――。
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
独居于海边小镇的女高中生比名子，因为小时候家人遭遇事故丧命，自己也有了寻死的念头。一天、一位名叫汐莉的吃人人鱼出现在她面前……。2人的相遇究竟是会带来「破灭」还是「救赎」呢……。
故事背景设定在一个神秘而充满危险的世界，黑暗之门象征着邪恶和毁灭的力量。据传说，只要有人成功铸造出黑龙剑，就能打开黑暗之门，释放邪恶能量。当灵山门门主得知这个消息后，他密谋夺取铸造黑龙剑的秘籍，并秘密进行铸造。为了阻止灵山门门主的阴谋，七位侠士必须按照祖传的传说，在七七四十九天内，到达小和山与光明剑的传人会合。光明剑被认为是对抗黑龙剑的唯一希望，因此他们需要找到铸造光明剑所需的七样必不可少的宝物，并最终铸造出这把神圣的剑。
充满荣耀的十二战士的，血战记录——十二年一度开办的第十二回十二大战。拥有干支之名的十二名刚猛战士，赌上各自的性命与灵魂交战。参加者是“子”“丑”“寅”“卯”“辰”“巳”“午”“未”“申”“酉”“戌”“亥”十二名异样的战士。在此战中胜利者，能够实现任何一个愿望。无论如何都想要实现的唯一一个愿望——活到最后的是谁？在谋略与杀戮席卷的战场上，落下的是谁的眼泪？惊心动魄的混合大战，开战。
