《暗渡》以抗日战争为时代背景，海归出身的中校军医汤敬武原是一名思想单纯的专业学者。作为一名中国人，他本能的热爱和平，尊重生命。面对惨烈的战争，在缺医少药的情况下他仍恪守着救治所有为和平而战的人。然而，随着社会动荡，个人命运起伏跌宕的转变。在痛失真爱后，汤敬武的思想也发生了根本性的变化。他渐渐从文弱书生中解脱出来，组建了自己的队伍，用智慧与勇气保护着家乡，尽管几遭周折，他仍小心翼翼的信守着自己的诺言。用生命捍卫着革命，书写着忠诚，直至最后拼尽自己的全部…。。
抗战时期，出身于国民党高官家庭的华桢原本要参加海军，实现自己成为舰长的梦想。然而一趟意外的上海之行，华桢的人生被彻底改变—他改名向远生并成为了一间破落派出所的底层警员。在这里，向远生遇到了一生中最重要的两个人—共产党员陈浩和骆珉敏，他们让向远生找到了人生的意义。在陈浩、骆珉敏等人的影响下，向远生坚定了共产主义信仰，最终成为党隐蔽战线上一名优秀的战士，成全了自己对理想信仰的追求。
江枫和移花宫的花月奴私奔，在路上诞生一对双胞胎，单恋江枫的邀月宫主杀了二人，抢走一个婴儿花无缺（谢霆锋 饰）。燕南天抱着另一个孩子小鱼儿（张卫健 饰）逃至恶魔岛。十八年后，在移花宫长大的花无缺，对两位宫主唯令是从；而在恶魔岛十大恶人庇护下成人的小鱼儿精灵机智。武林盟主铁如云突然失踪，江别鹤（王伯昭 饰）在黄山召开盟主选举大会。小鱼儿为了身世之谜出岛；花无缺奉师命清理武林门派；铁如云之女铁心兰（范冰冰 饰）追踪父亲也来到黄山，三人不期而遇。心兰与花无缺一见钟情。而小鱼儿为救心兰，独身混入慕容府偷取“火灵芝”，邂逅了慕容爱女小仙女（柏雪 饰） 。东厂头目刘喜害死铁如云，栽赃于慕容并掳走小仙女，利用其灵气，修炼“吸功大法”。面对小仙女的惨死，小鱼儿悲痛欲绝，误闯毒王群英会，性命难保。鬼医之女苏樱（袁泉 饰）挺身救出小鱼儿，并以身相许……当了皇妃的江玉燕（杨雪 饰）无法忘情无缺，因爱生恨、嫉妒心起与父亲合谋，铲除所有异已，杀掉燕南天与心兰，转嫁于无缺和小鱼儿。花无缺与小鱼儿两兄弟从此茫茫江湖，生死相搏……
法医病理学家兼作家理查德·谢泼德博士通过受害者的尸体揭示了可怕犯罪背后的真相，以区分事实与虚构，确保真相始终占上风。
九一八事变后，上海药材商人项青松私下组织募捐，支援东北抗日义勇军，其子项彬礼瞒着父亲也偷偷参加抗日活动。一二八事变爆发后上海陷入混乱，项家遭受大难，项彬礼加入东北抗日义勇军，后因上级投降，项彬礼投奔共产党领导的抗联，上级决定让项彬礼回上海建立地下交通线，为抗战武装提供物资药品等。淞沪会战爆发后，项彬礼加入新四军二支队，在华中开辟根据地，开展游击战，简称“江抗大队”，夜袭浒墅关车站，全歼日军护路警备队。上海派遣军参谋部特调山口一雄担任无锡警备大队长，对付江抗。经过两年艰难转战，双方在各个战线上搏杀，互有胜负。1941年，经历皖南事变的江抗大队重返华中根据地，新四军军部对其整编后建华中独立支队，派项彬礼担任支队长，为打破日伪的“清乡”、“屯垦”计划，不断与敌作战，最终迎来1945年抗战胜利。
