海绵宝宝第九季于 2011 年 1 月 3 日星期一宣布开播。本季共 26 集，于 2012 年 7 月 21 日开播。这样一来，集数将达到 204 集，突破 200 集的里程碑。[1] 本季于 2012 年 7 月 21 日以剧集“Extreme Spots”首播。这也是第一季以高清格式制作的节目。
天启元年，机关盛行，新旧党派，争权谋乱。齐南府秀才沈问，擅木工机巧之术，某日在路上无意间卷入一起皇宫秘宝失窃案，由此结识了锦衣卫总旗沐思卿。沈问发现锦衣卫寻找的秘宝竟然是当年导致他满门被灭的六合兽图，六合兽图内有皇朝隐秘，为了寻找灭门仇人以及解开六合兽图的秘密，沈问决定暗中布局混入北镇抚司寻找当年真相。
某天突然出现了一个神奇的按钮。按下按钮后，就转移到了另外一个异世界！！
"在某个世界泡中，武装人偶与死士的冲突从未间断过。伴随着二者之间的冲突不断升级，世界泡的稳定性正逐渐降低。为了拯救这个即将崩坏的世界，人类成立了专门用来管理与控制人偶的组织。为了掩盖黑暗的真相，人类特地给组织取了一个非常可爱的名字——「人偶学园」……——啊哈哈，开玩笑的，怎么可能是那样呢？"
大学生凌辰，参加学校的研究所实验，结果被冰冻了200年。200年后醒来，发现人类已经毁灭，废土上生活的全是人形化的动物少女。意外解除了凌辰冬眠的，正是一名奶牛少女——伊莉。为了活下去，凌辰发挥自己作为人类的科学文化知识，收集能力各异的兽娘们，扫清野蛮种族的威胁，建立一个末世理想国。
